聖母は御子を産んで聖処女になられました

私立ファレノプシス女学院高等部に入学が決まった主人公、竹城まりあ。
まりあの通う学院は全寮制で、彼女もそれまで暮らしていた家を出て玉兎蘭寮に入寮することになっていた。
引っ越し前日を過ぎた夜、まりあは彼女の母親である茉莉香の出生の秘密を本人の口から聞かされる。
それはまりあが想像する以上に壮絶な生い立ちだった。
そしてまりあが学院に入学して暫くしたある日の夜、玉兎蘭寮の自室のベッドで本を読んでいた時、突然彼女の前に現れた大天使ガブリエルに処女懐胎を告知去される。
「まだ恋愛もしたことないのにいきなり妊娠！？一体どういうこと！？」
訳もわからずまりあは大天使ガブリエルが神から預かってきたという、ただ一度だけまりあが使えるという神の能力を世界改変の御業に使用してしまう。
改変された世界に戸惑うまりあと私立ファレノプシス女学院の生徒たち、果たしてまりあは元の世界を取り戻すことが出来るのか？