１ スーパー特急ってほくほく線以外に無いでしょ？
「やっぱ乗り換えが要るくらいなら在来線から直通できた方がいいよな〜」
「乗り換え追加されるのに値上げとかたまったもんじゃないよな〜」
「しかもわざわざ新幹線作っても短縮効果小さいもんなぁ」
「今からでも遅くないから改軌しねえ？」
いやー、スーパー特急ってみなさんが思ってるよりいいもんじゃないと思いますよ？
スーパー特急ってのは新幹線に準ずる高規格の在来線で、線路がまっすぐだったり頑丈だったりするので、それまでの在来線よりも高速で走ることができるってやつのことです。
北越急行のほくほく線や京成電鉄の成田スカイアクセス線をイメージして貰えればよろしいかと思います。
スーパー特急方式だとこれまでの在来線から直接乗り入れることができるので、ミニ新幹線に次ぐ新在交流の形として九州新幹線などに取り入れられていく予定でした。
ここで重要なのは、『取り入れられていく予定だった』という点です。
事実として、スーパー特急として完成したのは北越急行ほくほく線だけなのです。それ以外は全て途中でフル規格新幹線に変更されています。（成田スカイアクセス線は成田新幹線の設備を流用している上に標準軌）
ということは、スーパー特急に関してはメリットよりデメリットの方が大きいということです。
ということで、フル規格新幹線と比べてのスーパー特急のメリットデメリットを挙げます。
メリット
①これまでの特急車両を使える
②線路の摩耗が少ない
デメリット
①(フル規格新幹線と比べて)遅い
②建設費用がほぼフル規格と変わらない
③東京・大阪と繋げられない
さて、ここまで挙げたところで西九州新幹線の武雄温泉〜長崎に当てはめて考えてみましょう。
≫これまでの特急車両を使える
確かに、在来線の車両のまま高規格線路に乗り入れられるので、博多から長崎の直通は保たれます。
しかし、JR九州は（西九州新幹線の整備方式がフリーゲージトレインなのかフル規格新幹線なのかがつい最近まで不透明だったため）一番新しい特急電車ですら20年以上前、一番古くて35年前という状態です。
つまり、そんな古い特急電車の置き換えのため、仮に西九州新幹線がスーパー特急方式で整備されたとしても新車の投入は避けられない、ということになります（それが新型車両なのか885系の増備なのかはさておいて）。
（フル規格で整備された場合、その分在来線特急電車は少なくて済むようになりますから、今のところ新幹線電車だけ導入していればいいということになります）
≫線路の摩耗が少ない
確かにその通りだと思います。新幹線車両に比べて在来線車両は軽い上に遅いので、線路の摩耗は少ないです。
≫遅い
線路が高規格とはいっても結局狭軌であることに変わりはないので、最高速度は160km/hに制限されます。フル規格新幹線ならばその約2倍の速度を出すことができます。
≫建設費用
結局、フル規格新幹線と同じように高架橋を建設して、山もトンネルでガンガン貫いていくわけです。建設費用や難度はフル規格新幹線と大して変わらないでしょう。
≫東京・大阪と繋げられない
まぁ仮に新鳥栖〜武雄温泉をフル規格で繋げたとして、東京直通はあり得ないでしょうが、大阪まで（少なくとも博多よりは東海道・山陽新幹線とスムーズに乗り換えができる小倉・広島・岡山まで）は直通できるでしょう。
武雄温泉〜長崎をスーパー特急方式で整備してしまえば、それまでです。折角高い建設費用をかけたのにそれ以上の発展がない、という状態になってしまいます。
長崎県は都道府県魅力度ランキングでも上位に入るほど魅力的な観光地であり、大阪からスムーズに行くことができない、というのはかなり勿体ないです。
＊
つまり、西九州新幹線においてスーパー特急方式での整備には『途中で乗り換えが必要になる期間が出ない』『線路が長持ちする』以上のメリットが無い、ということになります。
「いやいや、その乗り換えが無くなるってのが重要なんじゃん」って？ まぁ焦らないでください。後ほど触れますから。
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