３０歳の童貞魔法少女

都市伝説で『３０歳まで童貞だったら魔法使いになれる』と知った主人公ナツキは、自分の３０歳の誕生日に魔道書を手に入れる。
偽者だと思って購入したものだったが、それは、なんと本物だった。
その魔道書によって、偶然空間に穴を開けてしまった主人公は、その異空間に１２０年とらわれていた悪魔ヴェルと知り合う。
ヴェルに自分が住んでいるリアルとは違う、ファンタジー世界のことを聞き、興味を持つ。
自分の好きなオンラインゲームのプレイヤーキャラ♀を思い出し、こんな風になってみたいと考える。
すると、魔道書が作動して主人公の身体は、フタナリ（見た目は女性の姿だが、男性器も付いている）となってしまう。
ヴェルの話では、主人公の姿を完璧に元に戻すには、その魔道書の著者か著者を越える魔法使いで無いと不可能だということだ。
魔道書の著者を調べると、著者はアルカイダ=サンヴェルンという、魔法そのものを創った大魔法使いであることが分かる。
その大魔法使いは、魔法少女育成の学園を創立していてその学園ならば手がかりがあるかもということをヴェルから教えてもらう。
主人公が煮え切らないうちに、ヴェルはどんどん支度を勧めてしまい、その学園のある異世界へ主人公を連れてきてしまう。
主人公は、仕方なしに学園に向かい、成り行きで入学試験を受け、見事その学園に入学することに成功する。
こうして、フタナリ主人公の魔法少女学園生活が始まってしまうのだった……。