放課後は危険なケミストリーで

高校二年生の六塚楓は、バイト先で潔癖症の少年・片桐玲二と出会う。翌日、学校で彼がいじめられている場面に遭遇し、楓と親友の美月は彼を助ける。やがて三人は交流を深め、楓は玲二が念動力のような不思議な力を持つことを知る。
一方、街では若い女性ばかりを狙う猟奇事件が続発していた。「被害者は、市村萌子さん。二十二歳。」というニュースをきっかけに、楓と玲二は事件の真相を追うことを決意する。
新任教師・大葉幸一は、事件に異様に詳しく、楓に「この事件には首を突っ込まない方がいい」と忠告するが、彼自身も何かを抱えている様子だった。やがて犯人は人ならざる化け物であり、背後には“教授”と呼ばれる謎の人物が存在することが判明する。
楓たちは化け物との戦いに巻き込まれ、美月も犠牲になりかける。さらに教授は人間を改造し、大葉の妹・夏奈までも怪物へ変えていた。楓は仲間を守るため危険な潜入を繰り返し、ついには教授の屋敷で囚われの身となる。
教授は楓に執着し、彼女を「永遠の美しさ」と共に傍に置こうとするが、楓は抵抗し続ける。最終的に楓は教授の影武者を撃ち倒すが、真の教授は生きており、彼女を解放して姿を消す。