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あらすじ

この物語は、西暦２３５０年ごろから始まる。

　１５０年前に火星で復活したホモ・マーシャント（別名：ネルガル）の地球侵攻により、生物のネルガル化が起こった地球で、ナノマシンにより辛うじて生き残った人類。

　主人公のナノ・ウィッチ『エアリー』は、人類を絶滅から救うため、第六世代のナノマシンを探す旅に出る。

　彼女はかつての日本の首都『センダイ』でナノ・ドックの『ワン』を仲間にし、東北大学の地下に封印されたコンテナから第六世代のナノマシンを手に入れる。その際、コンテナを守護していたネルガル王女の『レナ』と戦闘になりあっさりと撃退する。

　エアリーはナノ・マイトの『クレハ』から自らの体に第六世代のナノマシンを移植されるが、それにより強大なパワーを失い、月のルナ・シティにある量子コンピュータからエネルギー転送の処置を受けなければならなくなる。

　エアリーはワンの里でナノ・ドックの『トア』も仲間に加え、月へ向かう手段を探すべく、ナノ・ウィッチの本拠地ウラジオストックに向かうが、その途中、猪苗代湖の辺りでネルガルの紋章を守護するコンドリアに遭遇し、激戦の末に第４の紋章を破壊する。

　物語は２日ほど巻き戻り、ウラジオストックに出発した直後、ルナ・シティのＵＥＥＤＦのエメラルダ・トレゴンシーとクリス・ネヴィルが調査のためにセンダイに降下し、エアリーの後を追うことになる。

　一方、エアリーに破れたレナは、その屈辱から、ネルガルの紋章をなぞる最終試験を受けようとネルガル王ジュリアスの下を訪れる。

　レナは１０番目の紋章を渡り始めるが、従士のナイガン家ロバートの奸計により、あわやという事態に陥るが、女王ユニクの介入により本来のジュリアスと共に生還するのだった。