少年よ、武器を取れ

阿神町立阿神高校に通う高校生、茅野宗也は、過去のしこりを抱えながら高校二年の春を迎えていた。
彼のしこりが何なのか。話は彼が高校一年生であった頃に遡る。茅野宗也は、一年生の春に剣道部に入部した。小学生の頃から剣道を続けていた彼は、その卓越した技術とセンスで、一年生でありながら部内屈指の実力者となった。そして、彼と日を同じくして剣道部に入部した一年生の諏訪俊介も、彼と同等か、それ以上の実力者であった。宗也と諏訪は互いに切磋琢磨しつつも、認め合うようになり、いつしか親友とも呼べる間柄になった。しかし、そんな日々も長くは続かなかった。いつからかを境にして、諏訪は急激に力をつけ始め、宗也を抜き去り、あっという間に部内最強の剣士としての称号を手にした。諏訪との差が開いてきてしまった宗也は、自信を失い、遂に剣道部を止めてしまった。宗也という理想の好敵手を失った彼は、悲嘆暮れ、ある日剣道部を去ってしまった。
そんな宗也の前に、ある日一人の女性が現れる。坂城アンナと名乗るその女性は、地球に現れた謎の鉱石、アルヴァコアについての研究をしていた。宗也とアンナはひょんなことから仲良くなっていくが、そこに現れたのが、アルヴァコアの力を使って理想的な世界を創ろうと企むグローケンという科学者だった。宗也は、アンナがグローケンを止めるためにこの街に来たことを知り、共に戦うことを決意する。アルヴァコアは宗也に常人ならざる力を授け、グローケンと対峙する。しかし、時を同じくして宗也と同じくアルヴァコアの力に覚醒した者がいた。それが諏訪俊介である。諏訪はグローケンと手を組み、アンナと宗也に襲い掛かるが、アンナの活躍もあり、その場はひとまず収められた。アンナは彼への調べから、狙いはこの街の一大イベントである阿神祭であることを突き止める。決戦が阿神祭であることを知った宗也とアンナはあらゆる手を使ってグローケンに対抗すべく手を打とうとするが、彼の仕掛けられた様々な罠に苦しめられてしまう。その魔の手は宗也の身の回りの人間にも及び……。
果たして、アンナはグローケンの野望を阻止することができるのか。そして、宗也は一年にも渡る諏訪との因縁にも決着をつけることになる。青春と驚き、感動が渦巻く激動の数週間が今、幕を開ける。