妖怪学級異世界召喚！　～魔物の使いな私が異世界で百鬼夜行を率いることになりました～

とある高校の昼休み中、生徒教師およそ三百名が一斉に異世界へと召喚される。しかし召喚直後、喚ばれた先にて槍先を向けて叫ばれた。

「なぜ魔族が紛れ込んでいる！？」

どうやらこの高校には人外の輩が紛れ込んでいたらしい。一斉に彼らが逃亡したことで数を減らしたものの勇者として迎えられた生徒一同であったが、そのひとり、二年の女子生徒・山本　友里はその後の検査で異端の天職“魔物の使徒”を授かってしまう。
あわや処刑寸前のところで彼女を救ったのはかつてのクラスメート、秘密裏に人間社会へ溶け込むべく学校へ通っていた妖怪生徒たちだった。

追われる身となった友里は雪女・白神　沙雪、天狗・鞍馬　宗司、鬼・下北山　鋼夜とともに国外へ脱出。ひとまずの安全を確保するため、魔族の国を目指すことに。

畏れを糧に生きる妖怪たちが各地で巻き起こす騒ぎを解決しながら異世界在住の魔物たちと関わるうちに、友里は人間と魔族の争いの渦中へと巻き込まれていく。