神々の船と修羅　――全裸の美女は神功皇后を名乗り、国民を扇動して政府転覆をもくろむ。彼女を止めることはできるのか――

卒業論文に取り組む此花姫香。担当教師は頼りない歴史の准教授。彼は謎の遺跡の発掘に携わっていた。そうして発掘されたのは石室ではなく、放射線を発する謎の巨大遺物だった。それは考古学者の手に余る先端技術で造られた〝何物か〟だ。

考古学者の調査チームはそれを〝天鳥船〟と名付けて公式発表に及ぶ。すると、彼らの前に現れたのは、国家安全保障局と自衛隊だった。

日本政府の管理下に置かれた天鳥船。科学技術庁の名のもとに、陸上自衛隊の特殊部隊員によって調査隊が編成された。

天鳥船が現代科学を越えた未知の文明の乗り物だろうと推測される中、調査隊は全裸の美女を発見する。意識を取り戻した彼女は、自分は神功皇后だと名乗り、自衛隊を翻弄して天鳥船から姿を消した。

彼女は自衛隊駐屯地を襲い、武器を奪取。と思えば、熱田神宮に忍び込み、草薙剣を盗んだ。……彼女は不満を持つ国民に蜂起を促す。

未知の文明の科学技術接種をもくろむ日本政府、彼らが対応に困惑する中、神宮皇后の作戦を見透かす青年がいた。姫香が属するボランティアサークルの後輩、住吉比呂彦だ。彼の経歴もまた謎に満ちていた。彼は神功皇后が人間ではないという。

当初、彼をいぶかっていた日本政府も、彼に神宮皇后確保を託す。

天鳥船の核物質を取り出して安全確保をはかる日本政府、一方、それを取り戻そうという神宮皇后。そうした中で比呂彦と神宮皇后の駆け引きは続き、直接対決が始まる。

対決は北陸から奈良に移り、両者ともに傷を負っていた。

比呂彦は捨て身の作戦で勝利したものの、神宮皇后を崇拝する自衛隊員の銃弾に倒れる。彼もまた、人間ではなかった。

彼を助けるべく現れたのは、アインシュタイン酷似の人物だった。彼は比呂彦の傷を治すと、神宮皇后を抱いて天鳥船の中に消える。