インディペンデンス・パニック

突如現れた怪獣たちに立ち向かうために、特殊な力をもった少年少女が世界の空を駆け廻る――

地球上に初めて出現した怪獣――グレーム・レイク・１の出現を期に誕生したネクサスと呼ばれる新人類。特殊な能力を生まれ長に備えた少年少女たちが、太平洋のど真ん中に建設された巨大ウォーターフロート――海上都市新東京に設置された対怪獣殲滅機関ヴァリスに集められ、日々出現する怪獣を殲滅するために日夜訓練を行っている。

京都のサナトリウムで生活していた葦舟ミライは、ある日ヴァリスの戦術指揮官と名乗った女性、龍驤ナオコに連れられて海上都市新東京を訪れる。そしてネクサスと呼ばれる子供たちが通っている新東京都市学園への入学が決まる。

そして、何も知らない、何者でもないミライは、初めて出会う自分と同世代のネクサスたちと交流していく中で、戦う理由や、戦う意味を見つけていく。