第５６章 記述言語（１）
第５６章 記述言語（１）
第１話 記述言語（３）
今章から、メイン・テーマを記述言語にしたいと思います。
何故なら、これ以外の話題は、学びの列挙のみになる可能性があるからです。
前章で、
・ノード体は、リレーショナル・データベースから抽出した「列」に関係している事
・ノード体のキー判定が単純でない事
と、述べました。
１つ、思い出した事があります。
それは、
「プログラムを動かす」と表現します。
しかし、実際に動いているのは、プログラムのコードではなく、データなのです。
つまり、データの動きを記述出来る言語である事が重要になります。
データを変化させる時に、重要になるのは、処理過程と出力です。
プログラムは、基本的に「入力⇒処理⇒出力」となります。
入力も大切です。入力を自分とします。
しかし、入力は誤っても影響は自分にしか起こりません。
それに対し、処理はその過程で他のデータを加工する事が、あります。
つまり、他者にも影響を与える可能性を持っています。
ましてや、不具合を所持していると、予期せぬ事が発生します。
出力は、入力の目的です。
この出力を得るために入力します。
入力してもデータに変化がなければ、そのプログラムは意味を持ちません。
（結果として、データに変化が起こらない可能性はあります。
これは不変という変化の１形態と考えます。変化する可能性の一部になります）
結論として、木構造の記述言語は「入力⇒処理⇒出力」となります。
あれっ！
これは、チュウリング・マシンと同じ？
特徴を持たせたいと思います。
① 入力は、任意の処理手段を付与できる。
（処理コードの指定アドレスに、複数の処理を指定できるという意味です）
② 出力は、多価関数である。
③ 出力は、決定した値を返す。
つまり、出力は非決定的にならないという事です。
問題があります。
それは、入力した時に永久的に出力されない可能性があると、いう事です。
第２８章をコード化して、ベンチをかける事が必須となりました。
ですが、このベンチを行うには、幾日か必要になります。
なので、この文章は「ベンチの結果、有益性が示せた」と仮定して先に進みたいと思います。
第２話 伝達物質（１）
（Ⅰ） 受容体（核内受容体を除く）
（ⅰ） Gタンパク質共役型受容体
① ムスカリン性アセチルコリン受容体
調べると「シナプスのアセチルコリン受容体のうち、ムスカリンにも応答する
イオンチャンネルタンパクで、リガンドを受容すると膜の脱分極が引き起こされる」
とあります。
文章は読めます。
何を言っているのかも分かります。
さて、何を学べばいいのでしょうか？
僕の解釈で上記の文章を表現してみたいと思います。
「この受容体は、アセチルコリンとムスカリンを受け取ると活動電位を発生させる」
これは、僕に対して何を学べと、言ってるのでしょうか？
（僕の解釈が正しいと仮定しての事ですが…）
学び方から学ばなければならないようです。
少し、先の受容体を調べながら、学び方を学ぼうと思います。
第３話 ペプチド（２）
・炭素・窒素単結合
・二重結合
・非共有電子対
については、学ぶ過程または、話題「ペプチド」の最期で調べたいと思います。
生体内で産生されるペプチドは、次の３つでした。
① リボソームペプチド
② 非リボソームペプチド
③ 消化ペプチド
今回は、①について、学びたいと思います。
「リボソームペプチドはmRNAの翻訳により合成される。成熟型を形成するために、
タンパク質分解を受ける。これらの機能は、ホルモンとシグナル分子である。
翻訳された時点に含まれるアミノ酸残基は２０種類に限られており、翻訳後修飾によって
リン酸化、水酸化、スルホン化、ジスルフィド形成等がされる。
これらは一般に線状であるが、投げ縄構造も普通である」
と、ありますが、現時点で理解する事が出来ません。
どうやら、タンパク質の合成とリボソームについて学ぶ事が必要となりそうです。
「タンパク質の合成はｍＲＮＡの情報にもとづいてリボソームとよばれる細胞内粒子上で起こります。
リボソームには二つのアミノ酸の間にペプチド結合を形成させるために必要な酵素があり、
またｍRNA結合部位やポリペプチド鎖を組み立てる準備段階として、
アミノ酸を取り込み整列させる場所があります」
やはり、分かりません。
つまり「貴方には、リボソームペプチドそのものを学ぶ事は、早過ぎますよ」と、
誰かが言っているのだと思います。
（無謀だったのか？）
今回は「リボソームペプチドは、細胞小器官の１つであるリボソームで合成される」
とだけ理解しておきます。
そして、リボソームによるタンパク質の合成の仕組みを書いておきます。
僕が、下記の事を理解しているのではありません。
これは、３段階のステップがあるようです。
① 開始
タンパク質合成が開始される前に、リボソームは大小２つのサブユニットに解離します。
合成はこの解離した小サブユニット（３０ｓ）とｍRNA分子、ホルミルメチオニル－ｔRNA、
開始因子の３種のタンパク質およびグアノシン５’－三リン酸（ＧＴＰ）の会合によって、
３０ｓ開始複合体を形成することから始まります。
このときの小サブユニットのｍＲＮＡとの結合位置ですが、開始コドンであるＡＵＧコドンの
近傍の特別な配列ＡＧＧＡＧＧＵ（リボソーム結合位置）と、リボソームの１６ｓ、
ｒＲＮＡ分子の３’末端近くにある相補的な配列と塩基対をつくることで特定されます。
３０ｓ開始複合体の形成後、つづいて大サブユニット（５０ｓサブユニット）が、
この複合体に結合して、７０ｓ開始複合体を形成します。
５０ｓサブユニットには二つのｔＲＮＡ結合部位があり、それぞれＰ部位、
およびＡ部位とよばれています。
② 伸長
P部位にｆMet-tRNAが結合すると、７０ｓ開始複合体のA部位には開始コドンの隣のコドンと
対合するアンチコドンを持つｔRNA分子が結合できるようになります。
A部位にアシル化ｔRNAが結合すると、ペプチジルトランスフェラーゼとよばれる酵素複合体
（７０ｓリボソーム自体が持っている活性）によってN‐ホルミルメチオニンと
ｔRNAに結合したアミノ酸との間にペプチド結合が形成され、
また、その際にN‐ホルミルメチオニンにはP部位のｆMet-tRNAから切離されます。
ここでリボソーム上では、
１）アミノ酸を放したP部位のｔRNAはこの部位を離れる。
２）ペプチジル‐ｔRNAがA部位からP部位に移動する。
３）ｍRNAが３塩基分の距離だけ移動し、A部位には次のコドンが現れる。
という3種類の動きがみられます。
２）、３）の動きをトランスロケーションと呼びます。
ｍRNAの移動が起きるとA部位に次のコドンに対応するアンチコドンをもつ
アシル化‐ｔRNA分子が結合し、上記の過程が繰り返されてペプチド鎖が次々に長くなります。
③ 停止
ペプチド鎖の伸長が進行し、終始コドン（ＵＡＡ，ＵＡＧ，ＵＧＡ）に到達すると、
A部位に結合できるアシル化‐ｔRNAは存在しないため鎖の伸長は停止します。
そしてこれらの停止信号を認識する開放因子が働いて、完成したペプチド鎖は、
リボソームを離れます。
リボソームは再び小サブユニットと大サブユニットに解離し、
新しいタンパク合成のために使われます。
完成したペプチド鎖がリボソームを離れた後、ホルミル基（－CHO)は特異的な酵素により
除かれ、多くの場合、末端のメチオニンも除かれます。
生体中にあるリボソームは、1分子のｍＲＮＡに何個も結合して、
同時に効率よくタンパク質を合成しています。
ｍＲＮＡに結合したリボソーム群をポリソームと呼び、タンパク合成の速度は、
100残基のポリペプチドでも5秒間で十分と言われています
３回くらい読み直しましたが、やはり、分かりません。
それより、他のWebページから引用する事が、適法なのか？心配です。
商行為に繋がる事はしてないので「ペナルティがあったとしても、甚大ではない」
と、思って引用しています。
念のため、合法か？違法か？調べてみます。
ちなみに、出典は下記URLです。
http://web-mcb.agr.ehime-u.ac.jp/bunnshi/protein.htm
