属する者

第２章 分類

第２章　分類

第１話　独立系

　さて、いつもの事なのですが、疑問から入ってしまいました。

タンパク質は、遺伝子情報から作られるらしいです。

細胞は、何から作られるのだろうか。

でも、止めました。

突破口が、見つかりません。

　その前に、忘れていた事があります。

僕の文章の中で、「…らしい」「…ようだ」という箇所が、

多く出てきます。

　この表現は、調べた内容で、僕自身が確かめていないものです。

即ち、僕がその内容を、修正したり、過ちを認めたりする事ができません。

　更に結果として、パラドックスを起こす危険性が高くなります。

しかし、全てのものを確かめながら先に進む事はできません。

唯一のチェック機構は、物語？に矛盾性がない事を確認する事だけです。

　対して、断言している文章は、僕自身の考え方や思いであり、

修正したり、過ちを認める事ができます。

　２０年以上前になりますが、コンピュータ・システムを構築する時、

絶対的な基準を持ちました。

　システムは完全な独立系に、成りえません。

必ず、インターフェイスを持ちます。

システムがソフトだけの場合（僕はそうでした）最低でもシステムを操作

する人に、インターフェイス部分を提供しなければなりません。

ハードの基盤を制御する時、そこにもインターフェイス部分を提供しなければなりません。

　システムの完備性の絶対的な基準は、２つありました。

１つは、インターフェイス部分を含めてシステム自身に自己矛盾を持たない事。

１つは、インターフェイス部分からどのようなデータが与えられても自己破壊しない事。

　当時、酷く困難に感じました。

そして、うまく行きませんでした。

　前章で述べた副産物から、問題が起こる箇所は、分岐部分か分岐できない部分にある事に気付きました。

ログ（ソフトの記録）をその箇所全てに仕掛けました。（正確な表現では、ないですね）

クレーム処理は、直ぐに解決できるようになりました。

　分岐部分に関連する以外のエラーは、ほとんど全てがハード例外（ゼロ除算など）です。

（単純ミスもありますが）

これに対しても例外処理ルーチンを組み込み対処しました。

残ったのが、OSの不具合、ハードの不具合、メモリリークなどでした。

　現在のエンジニアの方が、どのような手法を用いているのかは、分かりません。

　ここで言いたいのは、「大小を問わずこの世界は、独立系の集合体なのではないか」

と、いう事です。

そして、「独立系は必ずインターフェイスを持つ」と、言う事です。

　次話からは、この視点で「動物」について、考察してみたいと思います。

第２話　動物

　動物を分類する方法は、いくつかあるようです。

僕は、個体としての人をターゲットとして、階層構造に焦点を当てたいと思います。

　すると、次のような階層になるようです。

上から順に上位全体集質と考えてよさそうです。

・器官系（循環器系、消化器系、神経系など）

・器官（心臓、胃、脳など）

・組織（上皮組織、結合組織、筋組織、神経組織など）

・細胞（幹細胞、血球、神経細胞、受精卵など）

・分子（タンパク質、糖、ホルモン、DNAなど）

・原子

と、なるようです。

　僕は、器官、組織、細胞、分子、原子に焦点を当てたいと思います。

比較的、独立系として考えやすいかもしれません。

そして、それぞれがどのようなインターフェイスを持っているのかを、調べたいと思います。

器官系は、器官を分類しているだけなので、今のところ除外していいと思います。

　１つの問題として、染色体は、細胞に含まれています。

僕の考え方によると、細胞が全体集質であり、染色体は部分集質になります。

染色体は、遺伝子情報（DNA）を持ちます。

そして、DNAは、上位の集質に影響を与えます。

この時点で、僕の考え方は、脆くも崩れ去ったのかもしれません。

　余談ですが、調べている時に嬉しい言葉に辿り着きました。

「創発」です。

「部分の質の総和以外のもの（質）が、全体に現れる」事を意味するそうです。

ですが、詳細は分からず、拡大解釈もされているそうです。

結果として、未定義だそうです。

　ただ、生物学的には、随所で多発している事象みたいです。

　興味のあるのは、「創発」を考察した人達はどのような道を歩んでいるのか？です。

ちなみに、「創発」という言葉は「複雑系」が原初らしいです。

「決定論」「機械論」の全てを許しても、この世界には未だ残るものがある、

という事は明らかなようです。

　「複雑系」は、MITにおいて、経済の相場の研究が始まりだったと記憶しています。

２０年近く前に興味深く読み始め、途中で放り投げた記憶があります。

知りたい事から記述がどんどん離れて行ったからです。

　記憶に残っているのは、セルオートマトンが解明されていなかった事です。

書籍が出たのが２０年前という事は、書籍の研究内容はマイナス１０年として、

今から、３０年くらい前の研究成果だと思います。

　数年前、セルオートマトンについての記述のある書籍を見つけ、読んでみました。

僕の興味は、既にその事から離れていましたが、ある程度、納得のいく内容でした。

更に、フラクタルという副産物も載っていました。

　フラクタルとセルオートマトンは、共に複雑な幾何模様を描き出します。

式やパラメータを変えると様々な、幾何模様を描き出します。

見ていて楽しい一面、「無作為」を作りだす事に興味を持っていた時でも

あったので、反面落胆もしました。

　あれっ、物語？があらぬ方向に行きました。

第３話　ＤＮＡ

　僕の考え方を、脆くも崩れ去らせない方法を１つ気付きました。

崩れ去ってもよかったのですが、出来るなら少しでも先に進みたいと思ってしまいました。

　ＤＮＡは、発現が起こらないとタンパク質の合成を行いません。

つまり、誰かが「発現せよ」と命令しなければ発現しません。

細胞、組織、器官のどれかの全体集質が命令を出すのだと考えられます。

ここでは、誰なのかを特定する事は、出来ません。

あまりにも、僕の知識不足のためです。

　ＤＮＡは、発現命令を受けるとｍＲＮＡに必要な部分だけＤＮＡの情報を転写するそうです。

ここで、断言できる事が１つだけあります。

ＤＮＡは、コンピュータ・ソフトのマシン語に相当するという事です。

そして、ＤＮＡはプログラムコードであり、何者かが外部から操作しなければ、不変であるという事です。

発現が起きても、ＤＮＡには変化はありません。

細胞内のリボゾームがＤＮＡをフェッチ（※１）した結果がｍＲＮＡだと考えられないでしょうか。

つまり、リボゾームはＣＰＵに相当する機能を一部持つと考えたいと思います。

実際に、リボゾームはタンパク質をｍＲＮＡを元に合成しているようです。

詳細は、後ほどにしたいと思います。

　「必要な部分だけＤＮＡの情報を転写する」

この領域をコドン・セットと名付けておきたいと思います。

いくら調べても適切な用語が見つからなかったためです。

名前が、後に変わっても大勢に影響は無いと思います。

　ＤＮＡは、次の４種類の塩基の羅列らしいです。

１次元上に、コード化されて並んでいるそうです。

その間隔は、等しくないようです。

Ａ（アデニン）

Ｇ（グアニン）

Ｃ（シトシン）

Ｔ（チミン）

これも、詳細は、後ほどにしたいと思います。

　そして、この４種類の塩基から３個を選んで１セットとしてコドンというそうです。

つまり、４の３乗＝６４通りの種類のセットが出来ます。

この６４セットが、アミノ酸に対応しているそうです。

　しかし、アミノ酸は２０種類しかありません。

正確にいうとアミノ酸２０個＋終止コドン１個で２１種類になります。

アミノ酸１個に対し、複数の組み合わせが対応する事になります。

例えば、

アスパラギン酸（GAU、GAC）

グルタミン酸（GAA、GAG）

終止コドン（UAG、UGA、UAA）

など

　発現命令を受ける開始コドンがあります。

開始コドンについても後ほどにしたいと思います。

　コドン・セットは、この開始コドンから終止コドンまでの領域から成るそうです。

そこには、コドンが複数存在し、タンパク質の設計図の元になるそうです。

※１　フェッチ…メモリからマシン語をＣＰＵに転写する事

追記

　コドンの種類が６４通りある事は、述べました。

１つのアミノ酸に複数のコドンの種類が対応するそうです。

　しかし、トリプトファンは、１通りのコドンの組み合わせ（UGG)でのみ表現されるそうです。

１通りのコドンの組み合わせでのみ表現されるアミノ酸は、もう１種類あります。

これも、後ほどにしたいと思います。

トリプトファン（UGG）は、必須アミノ酸です。

この事自体が、重要なのかは分かりません。

　重要なのは、セロトニンです。

セロトニンは、神経伝達物質として、重要な作用をするそうです。

精神疾患に重要な関連があるそうです。

そして、セロトニンの原材料がトリプトファンなのです。

　僕自身がアルコール依存症（精神疾患）である事から、様々調べました。

医者が治せない病を素人が調べても無駄だという人もいると思います。

僕は、逆に誰が調べても分からないのなら、素人も医者もスタートラインは、

一緒だと思う事にしました。

　そして、足掻く事にしました。

結果としてよかったのは、今まで飲酒せずに来られた事です。