中三病は伝説になる

藤倉啓太は高校一年生にして中二病患者だ。また、中三病患者でもある。
妄想・空想（二次元）の中で魔法のような異能力を使ったバトルを繰り広げる中二病なら、皆もご存知だろう。しかし、そんな現実をまるで無視した能力が現実（三次元）で使えてしまう人間がいる。そんなごく少数の彼らを、中三病ーー潜在型異能力症候群と世間はよぶ。啓太もその一人だ。
世の秩序が乱れると危惧した国は、中三病の能力を解消する《異能力排除運動》を行っている中、啓太は自分の能力を隠して生活していた。
バレたら終わりの異能力生活。そんな日々はすぐに終わってしまう。
校舎裏で瞬間移動の能力を使っていたところを、同じ学年、同じクラス、しかも隣の席の女子に見られてしまう。
終わりを悟った啓太に反し、自分も異能力を使いたいと言い出した彼女。
そんな二人の距離は縮まっていく一方で、研究所を名乗る、多数の『闇の組織』から狙われることになるのであった。