Fランク学園のSランク能力者～最底辺と呼ばれた異能力者は魔法少女となって理不尽な世界に立ち向かう～

異能力者が普通に存在する世界。そこでは異能力によって人生が決まる格差社会になっていた。異能力獲得のために作られた異能学園には、第一から第七まで能力に応じてランク分けされていた。
相沢葵（あいざわあおい）はいわゆるFランクと呼ばれる異能第七学園に通う落ちこぼれであった。第七学園に通う学生は異能が優秀でない者の他に、異能を持たない『異能なし』も通っていた。
葵と幼馴染の新城美咲（しんじょうみさき）はどちらも『異能なし』だった。

しかし、『異能なし』と呼ばれる者は異能が確認できていないだけであり、時に優秀な異能が発現することがあるため、単純に無能の集まりであると虐めの対象になるだけでなく、嫉妬の対象になることもあった。特に、数年ぶりにA級異能力者を輩出したこともあって頻繁に嫌がらせを受けていた。

そんな中、第三学園の学生である楠木大輔の襲撃により第三学園は火の海とされてしまう。怒りに駆られた葵は火の海に飛び込むも、楠木の力の前に手も足も出なかった。
絶体絶命のピンチ、というところで異世界からキノッピーというキノコのような生き物が現れる。その力によって魔法少女となった葵は、楠木に恨みを持つ黒羽綾香（くろはねあやか）と協力して楠木を撃退する。
しかし、楠木によって校舎は全焼し、生徒数名が亡くなるという大惨事となった。
共闘した綾香の提案で、楠木に復讐するために葵は彼女に協力することになる。

その裏では秘石と呼ばれる石と、それによってもたらされるあらゆる願いを叶えるという賢者の石を巡った争いが静かに始まるのだった。