宇宙戦争は、俺の秘密基地（トイレ）で起きている。

【第一部】
　ある日突然、クラスの地味女子から宇宙人を一緒に助けてほしいとお願いされた主人公。
　少々ポンコツ気味の彼女から紹介されたのは、美少女宇宙人（手のひらサイズ）だった。

　進化の果てに戦う概念を失っていた宇宙人は、なす術もなく故郷の星を破壊されたという。逃げてきた先は戦うことに特化した、この地球。

　宇宙人が見つかっては騒ぎになる、と逃げ込んだ自宅トイレを成り行きで秘密基地に改造される主人公。
　時間になればコソコソとトイレに籠もり、遠隔で戦闘を手助けする日々が始まった。

　ただ問題なのは……戦いを知らないポンコツ宇宙人がいまいちズレていることだった……。

【第二部】
　振り回される毎日を送る主人公、ポンコツ地味ヒロイン、トイレに籠もる女子？男子？なお隣さん、スタイル最高運動神経バツグンの金髪美人（ただしポンコツ）たち。相変わらず宇宙人はズレっぱなし。

　そんな主人公たちは、とあるきっかけで自分たちの周囲に隠されていたナニカに巻き込まれていく。
　そして、世界の陰に隠れた組織とともに、地球を巻き込んだ宇宙戦争へのきっかけとなっていくのだった……。