電子の海に神はたゆたう

世界中をネットワークの網が覆う近未来。
電脳世界で目覚めた空（クウ）は自分の名前以外は何も覚えていなかった。ここがどこなのか、なぜ存在するのか、自分が一体何者なのか━━━━空は、自分が何者かを知るために電脳世界を彷徨うこととなる。
時を同じくして現実世界。人口増加を抑えきれなくなり、住む場所を失いつつあった人類は、電脳世界への大規模な移民を計画していた。しかしそこに、太古の神々を名乗る謎の存在、ℵ（アレフ）が突如現れる。彼らの目的は、おごりに満ちた人類をこの地球上から消し去り、“楽園”を復活させることだった。
人と神との戦いが、今、始まろうとしていた...