『魂改造手術』を受けた少年、施設から抜け出して自由に暮らす

名前の無い少年はラグナ教を名乗る白服の集団に拉致され、『魂改造手術』というものを受ける。
手術を受けてしばらく経ったある日、教団の行う人体実験のような非情な行為を許せなくなった少年は、ラグナ教の本部を破壊して外の世界に逃げ出した。
空腹で行き倒れた少年を救ったのはリリアという名の少女だった。彼女は少年にレイという名前をつけ、少年とリリアは一緒に暮らすことになる。

が、ラグナ教から逃げ出した上に、教団の施設までぶっ壊した少年のことを教団が許すはずもなく……