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惑星ブルーアースにおいて大陸暦2488年、人類は未曽有の生命体に脅かされていた。
【アースイーター】通称‘EE’、人類がそう名付けた怪物は、その存在を現すと同時に近くにあった国々を蹂躙した。
各国は、戦闘機や戦車を中心とした大規模な部隊を結成し、迎撃作戦に臨んだ。
しかし、EE一体撃破と引き換えに部隊は全滅、戦場となった国も焦土となり、多大な損害を負うこととなる。
既存の兵器群では太刀打ちできないということを、身をもって知らされた人類は、この戦いにおいて唯一得られたものであるEEのサンプルをもとに、人型機動兵器【コンバットファイター】‘CF’シリーズを開発していくこととなる。
人類が勝つか、EEが勝つか、人類の存亡をかけた戦いが今ここに幕を開ける。