序章
その日、私の世界の歯車は動き出した。
世界が謎の生命体、護神に支配されて10年が経つ、護神はどこから現れなぜ人類を攻撃してくるかわからない、ただ一つわかることはこのままでは、人類は確実に絶滅してしまうということである。事実世界の人類居住地域は4分の2まで減ってしまっていた。だが、人類はその中でも平和を保つため平凡を装い生きていた。そして、私、榊 桜もそうだ、だから私も普段は学生をして護神が出てきたら退避郷へ避難する。
そうして私は生きてきた。
だが、この日あの事がきっかけで世界の秘密と真実を知ることになると思わなかった。
「桜ー、今日はお昼なんにするのー？」
呑気な顔をして私に話しかけてきたこの子は、私の友人、仲原 恵呑気だけどこの子の元気に幾度となく救われた。
「ん？今日は学食にしようかな…うどん食べたい」
「桜はうどんほんとに好きだよねー、まぁ、わかるけど！wうちもそれにしようかな」
「なら、学食に行こう恵」
私たちは教室を出て食堂へ向かった。教室から食堂は中庭を通り2棟に行かなければならない。もう少しどうにかならないのかな
「そういえばさ、桜。」
「なに？」
「最近はめっきり護神が出てこないねー」
「出てこないなら出ないほうが平和よ」
そう、ここ1年ほどだろうか護神が出てきた報告はなく世界は平和になりつつあった。このまま彼らが現れずずっと、世界が平和であればいいのに、そんなこと考えていると学食に着いた。食券を買いうどんを受け取ると窓際の席に座り他愛もない話をしながら食事をしていた。すると
聞きたくなかった警報の音が街一体に響き渡った。
「桜！これって！護神の！」
「そうよ！退避郷へに行かなきゃ！」
しかし、食堂もだが外を見るとグラウンドもパニックになっていた、早く逃げないとしかし、外に見える護神はこちらに向かってきていた。
「ま、まずいよ！桜！」
「裏から逃げるよ！着いてきて！」
学校から抜け裏山側に走り出すと、大きな爆音と共に私たちの学校が塵と化した。
「そ、そんな私たちの学校が…」
「へたる場合じゃないよ！桜！桜ってば！」
私は学校の瓦礫に潰された生徒が見え、自分もああなるかもしれないと思うと、恐怖で足が動かなかった、そして護神はまたも目を光らせ破壊砲撃を放とうとしていた。もうだめだ
私は諦めていた。死ぬんだと、恵も死んでしまうんだと目を閉じて覚悟を決めた。
その時だった
大きな鉄が潰れるような鈍い音が響いたと思うと、破壊砲撃が私たちの上をかすめ外れた。そして目の前には、護神じゃない何かがそこにいた。
「さ、桜これなに……味方？」
「多分……」
しかし、すぐに目の前でその何かが護神が戦い始めた。圧倒的な力があるが私たちがいるからか、思いっきり戦っていないのがわかる。
なんとかにげないと！
だが、戦いで地面が砕けその砕けた地面が恵の方に飛んできた。どうしようも出来ない
私は友人を助けられないのか……嫌だ！嫌だ！誰か本当に神様がいるなら！助けてよ！
その頃、護神と戦うために秘密裏に設立された。日本政府そして、国連加盟している組織
EGAでは、久々の護神の再来と強化された敵にどのように対処するかを話されていた。
「司令部！ガディオンの装甲が持たない上、民間人が近くにいて！こうなれば、クロスアップするしかありません！」
司令部には、ガディオンのパイロットからの悲痛な叫びが響いていた。
「レオ……しかし、クロスアップの成功率はかなり低い昔のようなことがあれば君は死んでしまう！」
司令は昔合体したことによりパイロットのレオ ロアナードが死にかけた過去を知っていたため許可をしかねた、それに
「そうだ、シュミレーションでは成功するがあれはクロノだからだ、ガディオンでは所詮は真似事。神の作るものを人は真似たに過ぎないのだ危険だ。」
そう、今彼が戦うガディオンは遺跡より発掘されたクロノを模して作った、模造品に過ぎずブラックボックスが解明されてないため、クロノと共に発掘された。サポートマシンは上手く合体ができないのだ、もし合体が出来たらシュミレーション上のクロノフィアになれて最強の力が手に入るのだ、しかし、クロノは何故か起動せず未だに第2格納庫で保管されている。そのため、誰も真の姿クロノフィアを見たことがないのだ。
「しかし！このままでっ！ヴわぁあああああああ！」
戦いのさなか油断をしたかガディオンは護神に捕まってしまう。メリメリと装甲が割れアラートがコクピットに鳴り響いた。
そして、戦いの火は彼女たちも……破片が地面にあたり周囲は砕け恵は、気に捕まり今にも落ちそうになっていた。
「恵！必ず助けるから！」
「さく……ら……逃げて……」
「ダメよ！誰も見捨てたくない！10年前みたいに誰かを失うのはもう嫌なの！」
「でも、このままでは2人と……うっ……ごめん」
「諦めないでよ……恵を……みんなを守る力を私は欲しい！助けてよ！誰か！」
その時、彼女の願いを聞いたように10年間動かなかったクロノは目を覚まし固定具を破壊しようと暴れだした。
「！！なんだ！次はなんだ！」
「大変だ！第2倉庫のクロノが暴れている！このままでは破壊されるのも時間の問題だ！」
鷹の姿のクロノはあっという間に、拘束具を破壊し出口に繋がるシャッターを火炎弾で破壊し始めた。
基地内のアラートはなり続ける
「仕方ない！第2倉庫を地上へ！」
「正気ですか！局長！何が起きるか分かりませんよ！」
「このままでは、ここも破壊されてしまう！」
「了解！第2倉庫緊急上昇！」
地上に着いた倉庫はシャッターを開けた。するとクロノはどこかへ飛び去ってしまった。
一方ガディオンは装甲の限界が来ていた。
ボロボロと破壊され丸出しの内部機構、コクピットも見えていた。
「ダメだ……この護神は強すぎ……なんだあれは」
その時、先程飛び去ったクロノが護神に体当たりをしてガディオンは開放された。
「あれは！パイロットは誰だ！」
「無人で動いているんだ……信じられないがな」
「そんな馬鹿な！」
自由になったガディオンは、ここぞとばかりに攻撃するが対して攻撃は聞いていなかった。
「ここから何とか離す！」
バーニア全開で海側へ護神を押しやると、クロノフィアは彼女たちの近くに行った。
「また……護神？でも鳥みたい……」
「君か……私を求めたのは……」
桜にクロノフィアは話しかけた。
「！そ、そうよ！恵をみんなを助けたいの！お願い！力を貸して！」
「大きな力は破壊も救済もできる君にその覚悟はあるのか？」
迷ってる暇はなかった。
「あるわ！やってやるわ！」
「わかった。なら私の口に乗り込めそうすれば、私はクロノの形態に変形し君の意志道理に動く。」
言われるまま、桜はクロノのうちに入った
「桜！いやぁああああああ！」
事情を知らない恵は泣き叫び、気から手が離れてしまう。
「恵ぃいいいい！」
落ちていったはずの恵は人型のロボットの手に納まっていた。
「まさか、桜……桜なの？！」
「わかんないけど、扱える……」
「恵はここにいて！あいつをぶっ倒してくる！」
桜は恵を安全なところに下ろすと、海岸へ鳥の形に変形し飛び去っていった。
司令部も唖然だ、5年かかりガディオンを操れたレオとは違う、一般の少女がクロノを操るのだから
「君！聞こえているか！」
「は、はい！」
「君は誰だ！なぜクロノに乗り操れた！」
「わかりません、でも助けたいそう強く思ったら彼が力を貸してくれたんです！このままあいつを倒します！」
「わかった、しかし、無理はするな」
「ありがとうございます！」
海岸に着くと、膝をつき立ち上がるのがやっとのロボットが戦っていた。
「遅いぜ……」
コクピットにそう響くと目の前のロボットは倒れた。
「許せない……街を……恵を！危険な目に！いくよ！クロノォォォォオ！」
太陽を背に変形し、人型になり挑む
圧倒的に、スピードは勝てるがパワーが足りない、多少ダメージは入るがあまりきいていないようだ
「こいつ硬いよ！何かてはないんですか！？」
司令部に桜は問いかけると
「クロスアップがある、しかし失敗すれば君は死ぬ」
「！」
そう、失敗すれば……クロノなら成功率は60パーセントらしい、だけど私は迷う暇はなかった、誰かが悲しい顔するなら、多くの人が救えるなら！
「やります。私の中に渦巻く勇気が溢れてくるんです。こいつを倒さなきゃいけないって！」
その間にも戦うが、反撃が始まりクロノに破壊砲撃が当たり吹き飛ばされてしまう。
「お願い……します」
司令部も局長を皆がじっと見守り、結論が出された。
「わかった。君も我々と同じく地球を守りたい勇者でありEGAの一員だ！ 間宮くん！クロスアップを許諾する！」
「了解！クロスアップ！システムリリース！」
間宮隊員の席のリリースキーが回され封印されていたプログラムはクロノへインストールされた、するとクロノは電波を発して周囲に合体フィールドを形成した。
「いくよ！クロノ！クロォォォオス！アァァァアップ！」
その途端、海からはサメのようなメカが2体、地上からは戦車に似たメカが2台、そして空からは大きな、戦闘機？みたいなものが周りの壁を突き破り入ってきた。
足には戦車、方にはサメみたいなメカ、背中に戦闘機？みたいなものが着いた。みなぎる力、勇気凄まじいやる気が私を包んでいく。
そしてクロノが私に話しかけてきた。
「君ならできると思ったよ、これが対護神対策兵器、真の姿クロノフィアだ！」
「クロノ……フィア……」
周りのフィールドは溶け私はクロノフィアになり敵の前に立った。
そして、司令部は皆がこの状況に阿鼻叫喚。
局長は喜び、メカ担当の工藤は確率からみて奇跡という始末。みながこれを喜んだ
「クロノフィア……これなら！喰らえ！バスタァアアアアア！ブラスト！」
先手必勝、膝に着く砲台を2こ敵に向けると、容赦なく私は放った。しかし、片腕が破壊できたが敵もやられっぱなしでは無い、こちらに飛び込んできて上に乗り、至近距離で口を開いた、こんな距離で破壊砲撃を喰らえばクロノフィアといえ一溜りもない！
「クロノ！何かないの！」
「ブレスブレイカーを使え！胸から出るのを想像するんだ」
「分かった！」
すると胸に着く鷹の口が開き、凄まじい轟音と共に、護神を打ち上げた。
「チャンスだ！桜！ファイナルブレイクするんだ！方についてる、サメの顔を手に装着しろ！」
「こうね！唸れ！大地！轟け！天空！ファイナルブレェェェェエク！」
片手を鷹の爪のようにして、背中のバーニア全開で空に打ち上げた護神に向かい飛んでいくそして、やつの核をえぐり出した。
すると、護神は天空で爆散
コアはそのまま回収しに来たEGAの人に渡し私はそのままクロノフィアでEGA本部に向かった。皆は私の勝利を称え、クロノとパートナーの契約をした。
こうして私はこの日、世界を秘密裏に守るEGAの隊員件パイロットになったのだった。
