蒼穹の魔女は天才魔法工学技師《マギアクラフター》を振り向かせたい！

六花の楽園、アナザーヘブン。終末の世界から隔離された六つの街はそう呼ばれていた。
各々の街を統治しているのは魔女。赤、青、緑、紫、金、白。それらの色を冠した六人の魔女が、神に等しい力によって己の理想郷を築きあげている。
その中の一人、赤の魔女には寵愛する一人の少年がいた。少年の名はユーリ。彼は彼女の庇護の下、部屋に閉じこもって相棒の人工知能と共に魔法と科学の研究に明け暮れていた。
ある日、赤の魔女はそんな彼を見かねて、浮遊都市で催される白の魔女の戴冠式に送り出すことにした。
魔女の勅命には逆らえず、嫌々赴くことになるユーリ。彼はそこで一人の少女と出会う。ユイカと名乗った彼女こそ、新たに女王となる白の魔女だった。
ユイカは普通の女の子として扱ってくれるユーリをいたく気に入る。ユーリもまた天真爛漫な魔女に振り回されながらも、少しずつ彼女に惹かれていった。
その一方で、戴冠式の裏では古の王の復活を目論む者たちの陰謀が渦巻いていた。二人はその渦中へと引き込まれていくことになる。

ユイカの出生の秘密。大いなる存在からユーリに与えられた使命。その二つが交錯するとき、終末の世界を救う "神様のレプリカ" を導く物語が始まる。

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