I SPY JOKER NIGHT WALTZ（アイ・スパイ・ジョーカー・ナイト・ワルツ） ～CODE:REQUIEM PAPER FLOWERS（コード・レクイレム・ペーパー・フラワーズ）～

20世紀末、歴史上最大規模とされる世界大戦「第三次世界大戦（ワールド・エンド・ウォー）」が勃発、そんな中、機械、錬金術と魔術を融合させた新技術「魔導科学（マギステロジー）」を生み出し、「魔導戦艦（マギカ・シップ）」や魔導兵士（マギカ・ロイド）などの様々な兵器を保有、さらにそれの力の源である魔導鉱石「マテリライト」を独占したにより、ローマ帝国の再来と謳われる覇権国家「大英帝国（グラン・イングランド帝国）」を樹立、「第三次世界大戦」終結後、世界は勝利国である大英帝国「グラン・イングランド帝国」を中心にまとめられ、世界は平和になったかと思われたが、「アイオーン革命共和派」を主体とする革命軍による共和革命により中央の本国グラン・イングランド帝国を中心に巨大な壁で四つに分断され、東がクィーンズ・エリザベス王国、西がアイアンサイド共和国、北がスカリフ連邦帝国、南のハイランダー共和国、通称「ナイツ オブ ラウンド・ペンドラゴン」が統べていた。
しかし、終戦後も、５つの国家の他に各国のスパイが水面下に諜報活動や要人暗殺。破壊工作などの様々な任務をこなし、騙す騙されるの非情な影の世界の戦争「影の零戦（シャドーナイト・ゼロウォー）」を繰り広げていた。
そんな時代に10年前の事件により仲間を失い、自身も瀕死を負うも、蘇生薬により復活するも、代償に少女へと若返った伝説のスパイチーム【亡霊（ファントム）】の【幻影（ミラージュ）】は些細な事件に巻き込まれ、いろいろあって、独立スパイ組織「ナイトジョーカーズ」を結成、様々な依頼をこなし、非情な影の世界の戦争「影の零戦（シャドーナイト・ゼロウォー）」の裏で暗躍するが、だが、彼女達は知らなかった。
彼女の行動で世界の闇が動き出し、それが光と闇を巻き込む大いなる闇の陰謀、「陰謀の交錯（ストラテジー・コン・ゲーム）」の序章（はじまり）であることを………………。

これは伝説のスパイに率いるスパイチームが世界を股にかけ、非情なるスパイの世界を舞い踊り、時にはシークレットに、またある時はダイナミックに任務を遂行し、また些細な出来事から様々な事件に巻き込まれながらも、各々の能力や立場を活かし、様々な陰謀や組織との激闘を繰り広げるSFスパイアクションファンタジーストーリーである。