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少年は砂漠を彷徨っていた。
だが、少年の精神は少年ではなかった。

『空から降ってきたトラックに潰されて死んだ』記憶を持つ少年は、考古学者のサツキ・オリバーに助けられ、現実離れしたこの世界の仕組みについて伝えられた事で『自身は異世界から転生した』事を認識した。

彼の出した結論を証明するかのように、［新日本政府軍］を名乗る集団、[聖体]と呼ばれる謎の装置の力を操る者達が次々に現れ、[コタロー]という仮の名を与えられた少年は彼等との戦いに巻き込まれてゆく……。