SEED~渇きに芽吹く欲の華~

　人の欲望が集まり、具現化して生まれる、『インカーネント』と呼ばれる怪物が誕生した未来。
　人類は同じく、人の欲望を具現化することによって作り出した兵器、SEEDでインカーネントに抵抗していた。
　SEED -System　to　Enhance　and　Embody　Disire- 欲望を強化し、具現化するシステム。
　操縦者がその身に鎧として纏い、武器を振るうその兵器は、普通の人間では使うことが出来ない。
　しかし、数十万人に一人の割合でごくまれに、自らの欲望から作り出したSEEDを身に纏い、使用できるものが存在した。
　彼らは皆、対インカーネントの為の戦力として、半強制的にSEED操縦者として養成される。SEED操縦者の適正有りと判断された各国の子供達は、１５歳までに数年間訓練を経た後、実戦に耐えうると判断された場合、高等部からは日本のSEED学園本校に通わされる。

　SEED学園高等部の１年生の周祐空映（ちかむら　たかあき）は、親族に複数名のSEED操縦者がいるものの、本人はSEEDとは無縁の生活を送ってきた。
　しかし半年前、あるきっかけでSEEDに触れた空映は、初めての使用でもあるにもかかわらず、数年の訓練を必要とするとされるSEEDの全身展開を一瞬で出来た。
　すぐにある事故に巻き込まれ、衰弱死する一歩手前の身体になった空映は、リハビリも兼ねて４月にSEED学園高等部に入学させられる。
　そこで待っていたのは、SEEDをより強く成長させるためという名目で、大多数が常に渇き、欲望に憑りつかれた生徒たち。
　無欲な性格である空映は、欲望を纏い、欲望を滅する兵器を振るう同級生たちと過ごし、人外と戦うための兵器として養成されていく。