本編開始後
等活地獄篇：黄昏愛が地獄に落ちてくる。『あの人』の所在を巡って芥川九十九と衝突。その後和解した二人は、一ノ瀬ちりを加えた三人で次の階層へと向かうことに。
一方その頃、黄昏愛の起こした「怪異殺しの悪魔事変」に巻き込まれた泥舟朧、人知れず退場。その後、滅三川と再会する。
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黒縄地獄篇：拷问教會の暗躍により捕まってしまう一ノ瀬ちりと芥川九十九。一方その頃、開闢王に『あの人』の所在を問い質す為、拷问教會の大聖堂に単身乗り込む黄昏愛。拷问教會の下位六席や歪神楽ゆらぎと戦うことになったが、九十九と協力してこれを撃退。
開闢王からどんな願いでも叶うという理想郷・無間地獄の存在を教えられた愛は、無間地獄を目指して次の階層へと向かうことに。
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衆合地獄篇：酩帝街に囚われた三人、脱出を目指して暗号解読に挑戦。愛はそこで様々な人達と出逢い、また九十九やちり達と交流を深めたことで人間的に成長する。
終盤、一ノ瀬ちりはフィデスと遭遇。酩酊への耐性を獲得する為に『净罪』に手を出してしまう。結果として酩帝街からは脱出できたものの、この時点で一ノ瀬ちりは「茨木童子」を完成させる為に必要な材料としてフィデス達から目を付けられてしまう。
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■■地獄篇：愛達を乗せた猿夢列車は本来であれば叫喚地獄に到着するはずだったが、カタリナの異能によって似非地獄に転送させられてしまう。
そこで待ち受けていたのはカタリナの卑劣な策略。その果てにアナスタシアと戦闘になった愛達は辛うじてこれを撃退するものの、一瞬の隙を突かれ一ノ瀬ちりが拐われてしまう。
ちりは衆合地獄の『净罪』の間に囚われていたが、それを知らない愛と九十九はカタリナに誘導されるがまま次の階層へと向かってしまう。
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焦熱地獄篇：第六階層道中、カタリナの異能で分断させられた愛と九十九。愛はカタリナと、九十九はバルバラと遭遇。拷问教會が人類（怪異）滅亡を企んでいることを知ったバルバラは九十九と休戦協定を結び、羅刹王を説得しに第七階層へと向かう。
しかしまたしてもカタリナの妨害によりバルバラと分断させられてしまう九十九。羅刹王を説得することができず、戦闘になってしまう。
一方その頃、カタリナとの戦闘で第二形態『蝿の王』を覚醒させた愛。カタリナ撃退後すぐ九十九の加勢に向かった。しかし覚醒した愛の異能を以てしても羅刹王を倒すことができず、絶体絶命。そこに『净罪』の間にてバルバラと一ノ瀬ちりを生贄に「茨木童子」を完成させた如月真宵が戦闘に乱入。真実を知らないまま、真宵は羅刹王を殺してしまう。
羅刹王という柵の無くなった拷问教會は即座に行動を開始。無間地獄へ向かおうとするが、愛と九十九はそれを辛うじて阻止。一足先に無間地獄へと向かった。
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無間地獄篇：自分の正体を思い出した黄昏愛、第三形態『無貌の魔王』を覚醒させると共に、無間地獄の魔王となる。資格の無い九十九は無間地獄から追い出されてしまう。
愛と九十九が夢幻地獄内で永劫の時を過ごしている間、黒縄地獄ではマルガリタがついに完成。開闢王のオーダーに従い、九十九を殺害。そのまま無間地獄に乗り込む。
開闢王と歪神楽ゆらぎとマルガリタ、三者の連携によって魔王となった黄昏愛を撃破。魔王の座を奪った歪神楽ゆらぎは怪異という概念そのものの消滅を願う。
怪異という概念を失った地獄はその存在が根底から揺らいでしまい、結果として世界そのものが消滅。第一部完。
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第二部：『偽物の悪魔』を覚醒させた芥川九十九、衆合地獄篇まで時間を遡行。滅三川と出逢う。第二部開始。
