国立高等魔術学園-ナショナルハイマギアアカデミー-

難関の試験を突破し2年制の国立高等魔術学園に通う、ライリー、レジー、カイト、エースの4人。学年もクラスも、生まれ持った元素も違う4人は、それぞれに学園生活を送る。クラス間の確執に、魔力の暴走、魔術だけではない大切なことを学びながら生徒たちは成長するが、8月、学園内で大小の事故が多発。犯人ではないかと疑惑をかけられた通称「落ちこぼれクラス」に所属するエースは、「時」元素を持つライリー、「識」元素を持つレジー、上位次元の元素とされる「光」元素を持つカイトたちと協力して、事件の解決に乗り出す――！！