丁未の乱が起こります
用明天皇の病気と崩御を契機にして、蘇我氏と物部氏の対立が激化した。押坂部史毛屎が守屋に「他の群臣達があなたを陥れようとしています」と告げたため、物部守屋大連と中臣勝海連はそれぞれ退いて軍勢を集める。
守屋は、物部八坂、大市造小坂、漆部造兄を使者として群臣が自分を暗殺しようとしていることを理由に退く旨を馬子に伝える。これに対し、馬子は、土師八嶋連を大伴毘羅夫連に遣わして守屋の言葉を伝え、大伴毘羅夫連は武装して馬子を昼夜守護した。
中臣勝海連は、押坂彦人大兄皇子の像と竹田皇子の像を造って呪いをかけたが、不成功に終わった。彦人大兄皇子の水派宮の陣営に走るが、舎人迹見赤檮に斬り殺された。
物部守屋は五月に密かに穴穂部皇子を天皇に推す。馬子は六月、炊屋姫尊を奉じて、佐伯連丹経手、土師連磐村、的臣真噛に命じ、穴穂部皇子と同皇子と親しい宅部皇子を殺させた。宅部皇子は宣化天皇の子である。
宅部皇子は母親の身分が低く、後ろ盾となる豪族もいないために政治的野心を抱くことができず、恬淡とした性格であった。穴穂部にとっては大王位を巡る競争相手ではなく、身近にいながらも利害が衝突しない存在として心を許すことができた。
馬子と善徳は物部守屋大連を滅ぼすことを決意した。まず泊瀬部皇子を味方につけた。泊瀬部皇は欽明天皇と小姉君との間に生まれた四男で、穴穂部皇子の弟。馬子は物部氏と結合した穴穂部皇子を許さない一方で、泊瀬部皇子に次期大王位を内々に約束することで、小姉君系皇族の支持を取り付けることに成功した。
七月に軍を起こし、以下の面々が蘇我軍に加わった。
・竹田皇子
・厩戸皇子
・難波皇子
・春日皇子
・巨勢臣比良夫
・膳臣賀柁夫
・葛城臣烏那羅
・大伴連噛
・阿倍臣人
・平群臣神手
・坂本臣糠手
・紀男麻呂宿禰
・春日臣
蘇我軍は物部守屋の館がある河内国渋川郡へ進み、餌香川の河原で物部軍と対峙する。物部氏は稲城を築き、激しく抵抗した。物部氏は軍事を司る氏族であり、戦争には強かった。守屋も木に登り、そこから蘇我軍に雨のように矢を浴びせた。蘇我軍は三度も退却を余儀なくされた。ここで難波皇子が戦死してしまった。
善徳も守屋の大軍に包囲されたが、大樹の幹の空洞に隠れて難を逃れた。
「このままでは負けてしまう。仏に誓願しよう」
善徳は白膠木に四天王の像を刻み、誓いを立てた。
「敵に勝たせていただけるのなら必ず四天王寺を建立し、仏法僧の三宝を教え広めます」
馬子も法興寺を建立するとの誓いを立てた。仏への誓願は厩戸皇子の役割と思っていたが、この世界の厩戸皇子はモブキャラ感があり、そのような意思も力も感じられない。
善徳と馬子の誓願で士気が上がった蘇我軍は再び攻勢に出た。木に登っている物部守屋を射落としたことで、物部軍は総崩れになった。善徳の戦勝祈願で勝利したことから、白膠木は勝の木と呼ばれることになる。
守屋の侍者である捕鳥部萬は百人の兵を率いて難波の館を守っていた。守屋が滅ぼされたと聞いて有真香邑に逃れて山中の篁聚に籠もり、たった一人で討手を散々に悩ました末、遂に自害する。萬の飼っていた犬が主人の遺骸の側を離れず餓死したので萬の墓と並べて葬られた。
泊瀬部皇子が崇峻元年(五八七年)八月、大王になる。崇峻天皇である。妃を大伴糠手連の女、小手子とし、蜂子皇子、錦代皇女の2人を生む。馬子の娘であり、善徳の姉の河上娘も妃になる。
馬子は大臣のまま変わらず、群卿の位もまた元のままであった。大王といっても傀儡で、実権は馬子、善徳父子と炊屋媛が握っていた。崇峻天皇は飾り物の地位に満足せず、蘇我氏との確執は直ぐに表面化するものの、蘇我氏の絶対的権力の前に崇峻は孤立していった。
崇峻五年(五九二年)、崇峻天皇に猪が献上される。崇峻天皇は「この猪の首を切るように、朕が嫌う人の首を切りたい」と語った。この「嫌う人」が馬子を指すことは明白である。妃の小手子は日頃から崇峻の寵愛が薄くなったことを恨んでいたため、崇峻天皇の発言を馬子に告げてしまう。
馬子は怒り、崇峻天皇を排除しようとした。これに対して善徳は一旦押しとどめた。崇峻は馬子が擁立した大王であり、実権も蘇我氏が握っている。不満を表明するだけでは蘇我氏に影響を及ぼさないし、逆に崇峻を除いても、蘇我氏の権力を伸張することにはならない。善徳は他者の表現の自由は自分達に面白くないものでも尊重する。しかし、蘇我氏に対する具体的な陰謀まで密告されたことで腹を固めた。
馬子は一一月三日、東国の調が献上される日と偽り、群臣を倉梯宮に集めた。崇峻はこの群臣が参列する場において、馬子の意を受けた東漢直駒により、あっけなく殺害される。東漢氏は渡来系であった。ここでも蘇我氏と渡来人の関係の深さが裏付けられる。群臣参列の場で暗殺した理由は、大王殺害が蘇我氏の独断ではなく、諸豪族の支持の下で行ったものだからである。
崇峻天皇は殯の儀式もされぬまま、即日、墓穴を掘られ埋葬された。貴人の葬は殯の儀を営む風習があることを無視している。黒幕の馬子は何等お咎めを受けていない。馬子よりも崇峻に問題があるということで朝廷のコンセンサスは得られていた。
崇峻暗殺後、東漢直駒は大王の護衛隊の追及を切り抜け、河上娘を盗んで自分の妻としてしまった。公には河上娘は東漢直駒と護衛隊の戦闘に巻き込まれて死亡したとされたが、事が発覚して馬子により東漢直駒は殺された。