ラファエルは大天使として生まれ、神の御言葉を伝える使命を背負っていた。しかし、彼女は人間界に対する倦怠感と嫌悪感を抱いており、人間たちの卑しさに耐えることが難しいと感じていた。

ある日、ラファエルは神からの新たな使命を受ける。神聖ザフィール国の信仰心が減少していることを知り、彼はその理由を調査し、信仰を取り戻す任務を与えられる。。

しかし、その後、彼女は夜の街で神秘的な存在に出会う。その存在は美しく、神々しさを放っており、引き寄せられる。それははラファエルに言葉をかけ、その存在に引き込まれてしまう。

それから間もなくして大天使ラファエルは堕天して天と地に仇をなす存在となる。

堕天使ラファエルの反逆から２０年後、世界には魔物が蔓延り人類の総人口は五割へと減り去った。そんな時に能天使、元首天使それと大天使ミカエルとガブリエルの活躍によりこれ以上の犠牲は妨げられた。

そんなある日禁断の箱の箱によって世界に解き放たれた闇によって家族と大切な人の命を奪われた少年ヘラクレスは神器ミョルニルの資格者として選ばれた時、彼は復讐を誓った。