ライル、雲のむこうに

舞台は小さな島国、西暦1700年頃、他国からの流通は盛んで港は活気にあふれていた。帆船や蒸気船が主流で船乗りが多く、子供達は皆船乗りに憧れ、島の船乗り訓練場へ入るのはレベルが高い。
主人公の少年。珍しく船には興味が無いし、漁師をしていた少年のおじいさんが海の事故で消息不明になり両親からも船乗りになるのを止められていた。父は船専用の修理工場を営み、少年は機械にも強くいずれは工場を継ぐ予定だ。空を飛べない時代、少年の夢は飛行機を作り空を飛ぶ事を実現させる事だ、自宅には自転車を改造した飛行機があるが、まだ空を飛べた事はなかった。
ある日、船が大好きな友人達が少年を誘い、停泊中の大型旅客戦に忍び込むが見つかってしまった。しかし船長の好意で船内を案内してもらい、船長の知り合いを通じて訓練場へも入隊出来る事になる。そこは巡視艇乗りや護衛艦も夢ではない。友人は喜ぶ半面少年だけは興味はなかった。
その時一人の異様な雰囲気を持つ漁師の老人と出会い、珍しい六分儀をもらい受ける、機械に興味がある少年は六分儀を貰うと老人を通じて船に興味が出てくる。老人からは世の中に飛行機が発明され既に飛行している事を教わる。それは少年に世界は広く自分の小ささを知らされるものとなる。
少年は港で少女と出会うが、身元を隠すその少女もまた、飛行機を知っていた。
両親の反対をよそに友人達と訓練場に入ったが、友人達は病気や、家業を継ぐためとかでに辞める、一人になっても少年は訓練場内で知り合ったものと仲良くなり、またこの島を侵略する大きな組織がいるという事実を告げられ、少年はそのことを調べて行くことになると、漁師の老人や港の少女が関係している事がやがて分かって来る。訓練場内で行動を制限されている少年は島の状況が分からない。その時にはもう島はある組織によって攻撃されていた。訓練場を卒業しても船乗りにはならないつもりだったが少年の目に映ったのは攻撃を受けた無残な島の姿だった。少年の心は動き、友達を呼び仲間を集め、その敵に立ち向かおうと決めるが無茶な計画に考えは進まない。そこで少年は島の海軍である護衛艦に乗る事を決心した。一度辞めた海軍の道を何とか護衛艦に載せてもらった。
ついに島を侵略する組織が来て、少年達率いる海軍が立ち向かった。