魔神が最弱部隊の指揮官ってオカシイですか？

突如、異世界に通じる穴が開き、異世界からの攻撃を受けた世界各国。これに立ち向かうために人類は『魔法』と『魔装具』という力を手にした。『魔法』と『魔装具』の活躍により反撃には成功したものも、たった一体のイレギュラーの介入により、更に被害を受けてしまった。

それから数年、異世界から攻めてくる亜人や幻獣を倒す術をもった『魔剣士』を育成する学校、魔法学院ニルヴァーナに神宮寺蓮夜が姉の神宮寺真昼に呼び出される。

内容は『最弱部隊』の隊長兼指揮官を務める事。

何故こんなことに！？驚きを隠せない蓮夜だったが、蓮夜自身にもある秘密があった。

それは――。

現代学園ファンタジーここに開幕。