女子校探偵ホームズ〜僕と彼女を繋ぐ三つの暗号〜

僕を無理やり相棒にしたホームズが入院した。
彼女は退屈凌ぎに僕に暗号を作るように提案する。
仕方なく僕が暗号を作ると、ホームズは喜んでくれた。
それから僕も作るのが楽しくなっていき……。

読者さんへ。
この物語には３つの暗号が出てきます。
宜しければ暗号を解いてみてください。
きっと物語が数倍楽しく読めるはずです。
もちろん解けなくても大丈夫ですので気楽にお楽しみください。

追記
物語に関係ない四つ目の謎があります。
もし時間がありましたらこちらも解いてみてください。
ヒントは物語のどこかに隠れています。