天に舞うは、美しき桜。

――『魂魔（こんま）』大国、日本。古の時代より我が国は妖魔なる化物の脅威に脅かされていた。そんな妖魔を神なる力を以て、討伐を使命とした巫女が居た。彼女らは『戦巫女（いくさみこ）』と呼ばれ、日々、国の平和を護っている。
　八雲村に住む少女、若葉舞桜（わかばまお）と、真白院天美（ましろいんあまみ）は、仲のいい親友同士だった。ある日、八雲村が強力な魂魔『妖狐』によって壊滅する。天美は自分が戦巫女の名家の生まれで、戦巫女になる使命を与えられた娘であると舞桜に伝える。


「じゃあ、わたしもなる！　そうしたら天美ちゃんと一緒にいられる！」

舞桜はそう自らも戦巫女になることを誓い、二人は離れ離れに暮らすことになる。
　六年の月日が経ち、舞桜と天美は十五歳になる。唯一の戦巫女訓練校『陽海夜学園』に入学することになった一般家系出身の平凡な舞桜と、既に戦巫女となり百年に一度の天才と謳われることになった天美。二人が再会するとき、物語が始まる――。