魔法少女は乗っ取られました。

神楽尊（かぐらみこと）が所属する防衛チーム“エデニング”には、少数の少女で構成された主力部隊“魔法少女隊”により、悪魔の組織“シュメルツ”との長きにわたる戦いに終止符が打たれようとしていた。

部下達を敗られ、不利な状況に立たされたシュメルツの親玉“リィヴィア”は、その状況を打開すべく魔法少女隊の隊長、園咲恵（そのさきめぐみ）の身体を乗っ取り、その奪った圧倒的な力で他の魔法少女達を全滅させ、エデニングも壊滅させた。

その後恵の身体で、そして魔法少女の力を悪用し世界滅亡を進行しているリィヴィアを倒して恵を助け出す為、尊は、“残された希望”を手に、たった1人で立ち上がるのだった…。

絶望に堕とされた孤独は、悪魔から少女を救えるか。