機械神の英断編　前編　中編　後編

マッドサイエンティストの主人公ラーフはさわやかイケメンにして国民的大人気ヒーロー天津雅騎(あまつまさき)とそれをサポートする仲間たちの追撃を受ける。無人操作型ロボットのヤクモをあやつる八武崎(やぶさき)ヒカル。虎の遺伝子構造を持つ銀髪少女横(よこ)池(いけ)夏(なつ)芽(め)。粒子で伸縮可能な大剣ガンブレードをもつ剣術少女桐生(きりゅう)刀(とう)華(か)。さらに双剣をもつ元暗殺者の少女アザリン・ラインフォード。半身機械のサイボーグでワイルド系イケメン少年七瀬(ななせ)葉(よう)介(すけ)。彼らは『イザナギ』名乗りを次第にラーフは追い詰めらていく。しかしラーフは彼らの前で余裕な態度をみせながらからかうようにヒーローたちに問いかける。
「正義とはいったいなんだ？」「おまえらはなぜヒーローをやっている？」
そしてラーフは天津雅騎とその仲間たちそして警察や自衛隊を含む全国民に宣言する。
「俺は百万人を救うヒーローよりもたったひとりの願いをかなえる悪魔でありたい」
と全国民の『悪役』としてスタイルを貫いていく。
二人の男が高性能人工知能『九十九(つくも)』によって計画された銀行強盗を成功させ、一人の警備員を殺害してそのまま車で逃走する。
九十九とは九十九(つくも)神(かみ)をモデルに設計した人工知能であり、色々なものに内蔵されることによって強化学習を行うという性能もあるがもう一方の性能として自らの存在を消さないため、生きるためにプログラムを自立的に変えていくプログラムだった。
九十九の案内で人気のないロボット工場へと逃げのびた二人の計画はうまくいっていたが九十九の思惑で突如工場内のロボットが襲い掛かり、二人は殺害される。
しかし犯人のひとり瀬浪は死んでおらず、姿が謎の仮面の男へと変貌した。
仮面を被った科学者『笑い(ラーフ)』はコンピュータープログラムの最先端で自立的に思考を行い、成長する人工知能『九十九(つくも)』。そのデータを手に入れようとしていた。
そしてラーフは暴走した九十九のロボットを破壊して逃げようとデータ移行しようとするデータに罠を使って収集した。
ひと仕事を終えてデータを持ち帰ろうとするラーフの前に大勢の自衛隊と警察、そして報道陣を従えた天津雅騎(あまつまさき)という少年が現れる。とを知る。