この美しく汚れた世界の中で

地球温暖化によってほとんどの国が海に沈み、2つの大陸だけが残った。
地球温暖化の加速に対抗すべく各国では核研究が進んだ。
その中で著しい各発展を遂げたインヴァは世界で大きな影響力を持つことになった。
しかし、レイハでの原子力発電所をきっかけに東西戦争がおこったインヴァは、戦争の末インヴァ西側のウェイルーズは核を打ち込まれたことにより、人口のほとんどがなくなってしまった。
その中の生き残りピーター・ヴェルナーは、そんな未来を変えるべく、アンドロイド「デイライア3」こと、ディーを開発した。
ヴェルナーはディーにタイムリープをすることで今ある未来を変えたいという願いを託される。
今、ディーの世界を救う物語が始まる。