殺人教室　——今日の授業は人間不要論——

いじめられっ子の佐々木は、高校の卒業式の前日、予行演習のために登校する。三年間担任として世話になった山神太一先生が教室に入ってきて言った。「今日の授業は人間不要論だ」
信じられない佐々木たちは警察を呼んだり、反抗したりする。だが一人の生徒が実際に目の前で殺され、到着した警察も死体を片付けるだけ。山神は言う。星守教という宗教が全世界の人口の半数以上を覆いつくし、信者の全てが人間不要論を教え込まれていると。人間不要論、それを実行していくのが我々の使命なのだと。生き残った最後の一人だけが卒業でき、その生徒は星守教に入ることになると知らされる。
家族が監禁され、教室から一歩でも出たら家族が殺され、逃げようとすれば廊下にいる兵士に射殺される。そんな理不尽なルールを与えられた生徒たちは、殺し合いをすることになる。

誰もが拒否反応を起こすが、脱出することはできない。生徒たちに残された選択肢は、山神を殺すか、ルールに従い殺し合いをするしかなかった。
佐々木は、いじめっ子の河崎に廊下に突き飛ばされ、ルールを破ったことになり、家族を殺されてしまう。憎しみを河崎にぶつけようとするも、非力ゆえに周りの男子たちに押さえつけられてしまう。

大切な存在である三上が死んだことをきっかけに、佐々木は人間不要論について考えるようになる。地球に悪いことをしている人間を殺すのはいいが、地球環境や生物を守ろうとしている良い人間は殺すべきではない、という考えに至る。

河崎を憎む佐々木は、自らの手で河崎を殺すために、罪のないペアの生徒を殺害し、生き残る。ここから佐々木は狂い始めていく。

ついに河崎との一騎打ちになる。隙を見て刺しにいこうとするが、佐々木に好意を寄せている安藤が、佐々木を守るため、河崎を後ろから刺す。とどめを刺すためナイフを振るう佐々木は、河崎が死んでいることに気づかず、笑いながら体を何度も貫く。

最後に残った佐々木と安藤は愛し合う。だが、残り時間わずかのところで安藤が裏切り、佐々木を殺そうとする。
ギリギリで防いだ佐々木は安藤を殺し、人間はすべて悪だ、ということを理解する。生き残るためには他者を殺す。結局は自分だけがよければいい。それが人間の本質だということに気づく。
卒業証書を一人もらった佐々木は山神とともに教室を後にし、星守教の本部に向かう。