ミッシングリンク

理想都市「ジ・アース」で研究者として働くアラヤとナナキはある日、所属先にパイプを持つ大物政治家の殺人事件に助力を求められることとなる。そこで出会ったのは、快楽殺人を入力されたお手伝いロボットだった。やむなく開発段階だったサイコマグネメタルを試作パワードスーツとして装備した二人は鎮圧に成功するものの、政治家殺害の疑いを掛けられてしまう。ナナキはこれを機に完全に人間を見限ってしまい、アラヤの元から姿を消すことになる。
その後、各地で散発していたロボットによるテロ行為が全てナナキのせいにされていることを知ったアラヤは、彼の無実を証明するため、ナナキを連れ戻すことを決意する。
ナナキが生み出したロボットたちを蹴散らし、ナナキと再び対面したアラヤは、なぜこんなことをするのか、とナナキを呼び止める。それにナナキは取り合わず、改めて己の意思が変わらないことを告げ、アラヤへと襲い掛かった。
どこかでナナキが人殺しをするはずがないと高を括っていたアラヤは、ナナキが目の前で大量の人々を虐殺したことで、心に深い傷を負う。失意のまま放浪したどり着いた先は、かつて自分が育った孤児院だった。そこでマザーであるカオリと再会し、発破をかけられたアラヤは、もう一度ナナキと対決する覚悟を決める。
再び襲いかかる数々の敵を振り払い、アラヤはナナキが、己との確執で行動していたことを見抜くと、決着をつけるべく示された座標へと足を運んだ。そこでは完全に余裕をなくしたナナキが、アラヤを待ち構えていた。
激闘の果てにアラヤが勝利を収めるが、ナナキは重傷を負ってしまっていた。パワードスーツによってギリギリの状態で生かされている彼を助けようとした時、ナナキが何者かにさらわれてしまう。さらった人物は、ナナキの物資協力者でもあった『戦争屋』の男だった。
数々の先頭によって成熟したサイコマグネメタルを欲し、ナナキを取り込み怪物と化した戦争屋を止めるために戦うアラヤ。奮戦するものの、満身創痍であったために長くはもたなかった。
だが、ついにお互いを理解したアラヤとナナキはサイコマグネメタルに全てを託し融合。『戦争屋』の男を撃ち滅ぼす。
そしてイヴはアラヤとナナキの意識が融合した存在に約束を託され、これから先の世界を見守っていくことになる。