終末を抜け出して

なぜだか分からない。何も分からない。分かっていることといえば、世界が水没しいるということだけ。そして、変えようのない未来がそこまで迫っているということ。政治家もマスコミも専門化も、誰一人真実を語らない。ヒーローの登場など望むまでもない。
そんな秘密社会の中にも、普段通りの生活はある。
非日常を日常に替えて淡々と暮らす人々がいる。

……旧東京。ある日、とある丘に暮らす中学生達が、この謎の解き明かしを思い立つ。
噂では、宇宙光照射（=フラッシュD）が原因ともいわれているが、それならなぜ、未だに人が突然消えるのか？なぜ過去の記憶を生きているかのような言葉を吐く精神病者があとを絶たないのか？人々はそれを流行り病と片付けるが、本当の答えはどこにあるのだろう？
世界中の科学者たちは、ワームホールを創出し異世界への扉を開き、過去へのループを試みるべきとの主張を繰り広げている。それは過去に、宇宙を崩壊させる可能性が指摘され、実験中止に追い込まれた時空ループハイウェイという名の研究だ。
ところが今では、「そこで過去を変えるのだ。フラッシュDを遮断するシステムを創れば人類は救われる」と、多くの政治家がそれに同調しつつある。
ある日、中学生の一人、エムは気づく。
「フラッシュDが起きたから時空ループハイウェイが再開されたのか？それとも、ハイウェイ再開のためのフラッシュDだったのか？」
「生きているからには、何かを見つけなきゃね」

流行り病への恐怖や、異世界での体験、葛藤を通して、彼らが辿り着く世界の終末の驚くべき真実とは？