Φ≪ファイ≫

西暦XX37年。もはや人の住める環境ではなくなった地球を捨て、人々は空に浮かぶ島々で新しい生活を始めていた。

主人公 エリナ・イアハートは、幼い頃家を去った父親が残したあるペンダントの秘密を解き明かすため、世界各地を旅していた。
その過程で出会ったのは、表向きは探偵、裏では便利屋として裏社会に関わるエドワード・シャーロックと、その助手であるイザベラ・フェリス。

ひょんなことから彼らの営むセレスティア探偵事務所に入社したエリナは、次第にこの浮遊都市セレスティアの裏に隠された事件に巻き込まれていく。
依頼の一つ一つが、やがてエドワードの過去やエリナの父の謎と絡み合い、世界全体を揺るがす陰謀へと発展する。

正義と復讐、信頼と裏切りが交錯する中、三人はそれぞれの目的を胸に、失われたものの奪還と真実の解明に挑む――。