実は最強異能教師の廃校阻止計画～暗部組織にいた俺は、もう異能とかいうロクでもないものには関わらないと組織から足を洗うが、現実そう上手くはいかない。廃校寸前校の教師にさせられた…教職免許持ってないのに～

これは、異能嫌いの少年が紡ぐ、能ある鷹が爪を見せる(？)系ひねくれヒロイック・ローファンタジー────

ここ『学園都市オウカ』は、人口200万人のうち約80％が学生を占める人工島。

今日も特殊能力を有する者──『異能者』の育成に取り組むオウカでは、最高機密扱いの情報や技術が数多く存在している。

そして、そんな最高機密の漏洩を防ぐために存在するのが、学園都市オウカの最高意思決定機関『連邦理事会』直属の暗部組織──『第〇室(ファントム・ルーム)』。
第〇室では、決して表沙汰には出来ないような案件を扱い、連邦理事会の命令とあらば暗殺さえ厭わずに行う。

俺『有栖川 湊(アラスガワ ミナト)』も第〇室のメンバーだったが、ある日仕事中に、いつもコンビを組んでいた少女『天野 瑠衣(アマノ ルイ)』を失ってしまったことが原因で、異能が嫌いになり、組織を離れる。

第〇室を抜ける条件として連邦理事会が出してきたのは、生徒六人しかいない廃校寸前の高校『一星高等学校』をどうにかしろというものだった。

「どうにかしろってんなら、どうにかしてやるぜ？　廃校になるのを待ってやる！」

俺は教師として一星高校に赴任するが、教鞭を取る気など一切ナシ。

しかし、生徒達が必死に廃校を阻止しようと張り切る姿を見ているうちに、少しだけ力を貸してやろうかと思い始める。

そんなとき───

「久しぶりだね、ミナト君？」

突如、俺の前に瑠衣の幽霊が現れる。

俺は、瑠衣や大切な生徒と共に、迫り来る数多の事件と理不尽を乗り越えていく───