主役級
カッコ内は物語開始（第一章）時の年齢。
黒月浩輝（14）
主人公。常空中学校に通う中学二年生。中二病患者。
八年前に、チオデ島に発展途上国の支援の為行っていた両親を亡くしてから禁忌獣に対して強い怒りを覚える。その後、禁忌獣に復讐するべく自衛隊に入り、人型兵器『霧雨』のパイロットになることを目指していた。しかし常空市に禁忌獣が現れた際に知り合いの福士玲によって強引に連れていかされたファントム基地『ゴエティア』にて、霧雨よりも性能の高い人型兵器『ウィルシオン』のパイロットとしての資格が有ることを知らされ、『ウィルシオン五号機・クロセル』のパイロットとなる。世間からは乗機のクロセル共々『ゲファレナー』と呼ばれて恐れられている。
小学生時代は同級生の女子児童から『触れると黒月菌か移る』などと言われて、避けられていた。現在でもクラスメイトからはいじめのような行為をされているが、全く相手にしていない。というより、自分と同じ生物だと考えていない。
目的のためなら手段は選ばない性格であり、『嫌われるほど増える』という性質を持つIVを増やすためならば、何の非もない自衛隊や福音軍の人間を攻撃する。しかし、『殺さずに苦しめ続ける』という方針の元、不殺を心掛けている。
不意打ち、精神攻撃、人質等の卑怯な戦闘手段を好み、敵を過小評価することは無い。霧山隆介にはクロセルに幻覚を見せる機能を付けるように依頼した事もある。
人を疑わない性格の日元奏太を平気で騙し、都合のいいように利用している。また、自分がファントムである事を知っているヴァルハラ星人のセントには『自分の事を誰かに知らせたらお前の噂を世界に公表する。お前が居場所を失ったら森崎百合花は悲しむだろう』と脅している。
本人は否定しているが、倉島大和からはよく『シスコン』と評される。姉である黒月遥を守るためなら土下座をする程度にはシスコンである。
幼少期から遥に守ってもらっていた影響から『女性＝守られるべき弱い者』という倉島の考えを嫌っている。
孤独を好む一方で、『友達が欲しい』という理由で、『ゲファレナー』としての自分を崇拝している藤宮彼海をファントムに勧誘した。浩輝はこの事を後悔していたが、彼の内心に気付いていた彼海に許され、正式に友人となった。
しかし、人間不信なので、遥以外の人間を完全に信用することができない。これは彼海も例外ではない。
黒髪で少女の様な顔付きをしている。彼の寝ている姿を見た日元奏太が思わず襲い掛かろうと考えるほど。
キャラコンセプトは『ライバルっぽい主人公』
森崎百合花（14）
浩輝と同じく常空中学校に通う。彼のクラスメイト。成績優秀、容姿端麗、スポーツ万能という絵に描いたような優等生で、学級委員も務める。男女両方から人気が高い。常に独りでいる浩輝とは対称的。
小学生時代は浩輝が菌扱いされていたのにも関わらず助けられなかった事を後悔している。現在は、間違ったことが許せない正義感溢れる少女となった。
人々を守りたいという強い思いから、福音軍の最新鋭機『セラフィオン零型・ウリエル』のパイロットになる。強力なパイロットとして『ウィルシオン四号機・ハルファス』を操る藤宮彼海を追い詰めるが、浩輝の『人々を守るために敵を殺すのですか？』という揺さぶりに動揺し、彼海を取り逃がしてしまう。
その後、福音軍に加入。階級は少尉。
禁忌獣が意思を持つことを知ってからは、彼らと対話の道を歩むことを決める。
セントに対して、恋心を抱いている。
浩輝、彼海、奏太がウィルシオンのパイロットで有ることを知るが『もし公表したら三人ともまともに生きていけない』と考え、事情を知るセント以外には誰にも話さない。
キャラコンセプトは『メインヒロインっぽいもう一人の主人公』
セント（地球換算で約140歳）
元は惑星・ヴァルハラのエリートパイロットとして禁忌獣と戦っていたが、上司である『殲滅派』の人間に禁忌獣との戦いを止めることを訴えたところ、上層部の怒りを買い、監視役のリードと共に地球に来た。しかし、地球に来てからはリードとは別行動を取っている。
彼が地球に来た二年後、チオデ島に禁忌獣が現れたのだが、当時アフリカ大陸をさまよっていた彼がその事を知ったのは大分時が過ぎてからだった。その後、彼は乗機の『フィム』と共にチオデ島に向かい、しばらくそこで暮らした。
三年後、人々を守るために禁忌獣を倒そうと考えていた、ファントムの倉島大和が『ウィルシオン一号機・バティン』に乗りチオデ島に現れたが、倉島に禁忌獣とは分かり合える事を教える事で説得し、その後は彼と共にチオデ島で過ごした。
五年後、 日本の常空市から『友達になりたい』という趣旨の念波を禁忌獣がキャッチし、数体の禁忌獣が常空市に行きたいと考えた。セントはそれを止めたが、彼らは常空市に向かった。 最初はチオデ島で彼らの帰りを待とうとしたが、心配になり自分も常空市に向かった。そこで彼が見たのは、『ウィルシオン五号機・クロセル』を操り禁忌獣、そして自衛隊を苦しめていた黒月浩輝の姿だった。説得を試みるも、禁忌獣に強い恨みを持つ彼とは分かり合えず、圧倒的なIV量によって機体性能をフルに発揮していた浩輝相手に相打ち。乗機フィムは大破する。
その後、自衛隊にフィム共々回収され、ファントム及び禁忌獣に対抗する為に結成された新組織『福音軍』に加入することになる。階級は少尉。この際、自衛隊として禁忌獣や浩輝と戦っていた森崎修治の家に引き取られ、彼の娘百合花とともに暮らす事になる。
また、『ファントムに関わっている可能性がある日元奏太を監視する』という任務を遂行するために、『セント・コールリッジ』という名で常空中学校に潜入する。そこで浩輝とも知り合うが、互いの秘密について、学校では触れないという約束をする。
福音軍に入ってからは『レオン』で戦うことになるが、圧倒的な機体差があるウィルシオン相手には毎回負けてしまう。
戦いについて迷いが有り、落ち込んでいる百合花を度々励ます。
地球人では無いが、外見はコーカソイドに似ていて、金髪である。クラスメイトからは『王子様』と称される。
キャラコンセプトは『主人公っぽいライバル』
