陰陽高校生　大戦記

明治政府の意向により、陰陽寮が廃止されてから数百年。現代日本を霊的に守護するのは、警察機関に属する「零課」、宮内庁に属する「皇院」、そしてどこにも属さず、素養のある孤児を術者として育成する教育機関「宮」の三つであった。
しかし、「宮」の創立者にして最高責任者である市原吉江の呼びかけにより、三機関は「陰陽寮」として再び統合されることになった。それは、かつて地球を支配した大いなる存在、旧支配者の目覚めと、「大妖怪」と称される妖（あやかし）の決起を予見したためだった。
そして、見習いながらも陰陽師である護と巫女である月美は、人間と妖怪たちの戦いに身を投じることになる……。