あなたの青春は赤点です

特に個性のないコミュ障ぼっち高校生、幌田陽介（ほろだようすけ）は孤独なりに平穏な生活を送っていた。

そんなある日、担任の京ヶ谷早苗（きょうがたにさなえ）先生に呼び出され、「ぼっちはクラスの景観を乱す」として「補講室」に入れられる。ここは先生が設立した、社会生活困難な生徒を更生させる場だという。

そこで出会った黒髪の少女、福山麻耶（ふくやままや）は、なぜ入学できたのか分からないレベルで学力が低く、陽介は彼女の指導とテストでクラス一位に導くことを命じられる。一方、陽介に与えられた試練は恋人を作ること。お互いの苦手な分野で難関を突破することはできるのか！？

さらに他の補講室級問題児やクラスメイトも巻き込んで陽介の日常は変わってしまう！　ギャル、オタク、お嬢様、ヤンキーに対処できるのか！？