天才たちは学校生活を守りたい

琴原美里は天才だ。彼女を知る者なら誰もがそう言うだろう。
テストは全教科満点。運動神経は全国トップクラス。芸術のセンスも抜群。祖母譲りの金髪とその美貌で道行く人は振り返り目を奪われる。
彼女の所属する凪坂高校では様々な問題が発生する。
恋愛による関係の拗れ、不安定な感情のブレによる葛藤、未熟で傲慢ゆえの他人への不義理。
そんな問題の解決に彼女は奔走する。
ある日、陸上部三年の金谷健一が入院した。琴原美里は事件の解明に動こうとするが、金谷の彼女を名乗る女が凪坂高校に襲来した。襲われる陸上部の面々。
実里は事態の解決に急ぐ。