―Crystalline-Cell "SAGA2"―【戦空の魂】

王歴198年。王都アインツの内乱をきっかけとして勃発した大戦は、九年の時を経て王都アインツの崩壊と言う形で一応の終結を迎えた。アルテイル国立魔法使養成学校の学生シュミラ・メルキオットは、大戦の引き金となったと言われる首都アルストロメリア崩壊の犯人である自らの父、ジルギア・アランドナウを探しに弟のレグナと旅に出る。旅の途中、謎の少女シェラと彼女を追っていた黒い戦士と出会った時、運命の歯車はゆっくりと動き始めるのだった。