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２１０２年。人類は科学者、丸山弘志が生み出した〝ファルマコ〟と呼ばれる生物兵器と１６年にも及ぶ戦いを続けていた。再編成された日本軍基地がある北海道千歳市に住んでいた少年、雲井夜明はファルマコの襲撃に巻き込まれる。命からがら逃げた先にあった、転倒する日本軍のトラックの中で見付けたのは、緑色の髪を持つ少女だった。