東京都上野・・・。
此処で、一人の男が事件の被害者を調べていた。
男の名は、加賀美 新。
彼は、ワームに対抗すべく人類が結成した秘密組織「ZECT」の隊員である。
加賀美が遺体を調べていると、
「加賀美君。」
と、女性が声を掛けた。
女性の名は、岬 結月。
彼女もまた、彼と同様にZECTの隊員である。
そしてもう一人、この物語が進行する上で重要な人物が、高校生である主人公のこの俺、鍬形 総一（くわがた そういち）様だ。
「あ、岬さん。」
と、加賀美。
「加賀美君、帰るわよ。」
「はい。」
二人は、遺体を処理すると、家路に着いた。
翌朝、彼らは出勤をする。
「お前達、今日の仕事、分かってるな？」
と、田所が言う。
「廃工場に逃げ込んだワームの殲滅。」
と、岬が言った。
「その通りだ。じゃあ行くぞ。」
田所はそう言って、墨田区八広の廃工場へと車を発車させた。
八広の廃工場に着くと、加賀美と岬はワーム殲滅の為に準備をする。
一方、主人公の俺様は、八広の廃工場に忍び込んで遊んでいた。
すると、最近世間を脅かしている、ワームとか言う奴と戦ってる二人の人物を見かけた。
俺は暫くの間、そいつらの様子を見る事にした。
「しまった、もう弾が！」
加賀美は、弾を切らしてしまった。
「こっちもよ！」
岬も同様だった。
「俺、やってみます！」
「分かったわ。早く戻って来てちょうだい！」
「はい！」
加賀美は、そう返事をすると、持ち場を離れて車に戻った。
「どうした加賀美！？」
田所が聞く。
「ベルト、取りに来たんです。」
「そうか。ならその箱を開けろ。」
田所は、加賀美の横にある箱を開ける様指示した。
加賀美はその箱を開けると、
「これがベルト・・・。」
と、呟いた。
「何をしている？さっさと行け！」
田所は加賀美にそう言った。
加賀美は、車を出ると、急いで持ち場に戻った。
加賀美が戻って来ると、岬はワームに捕まっていた。
「岬さん！？」
加賀美が叫ぶと、ワームはそれに気付き、岬を放した。
「良くも岬さんを！」
加賀美はそう言って、ベルトを腰に装着し、
「来い！ガタックゼクター！」
と、右手を挙げながら叫んだ。
すると、クワガタの格好をした青い何かが空から飛んで来て、加賀美の前までやって来た。
加賀美は、それを掴もうとしたが、青いクワガタに避けられて掴み損ねてしまった。
加賀美を避けたクワガタは、方向を変えて俺の所へ飛んでくる。
俺はそれを掴み、
「選ばれし者は、俺だ！」
と、言って、
「変身。」
と、言いながらそいつを腰のベルトに装着し、
「変身」
と言う機械音を鳴らしてクワガタがモチーフのマスクドライダーに変身をした。
変身が完了すると、
「change!」
と、機械音が鳴る。
俺の存在に気付いたワームは、脱皮をしてサナギワームから成虫ワームへと進化を遂げた。
成虫へと進化したワームは、肉眼では捕らえられない超高速移動能力・クロックアップをし、俺に近付いて来た。
俺は、キャストオフをすると、直ぐにクロックアップした。
クロックアップした俺は、迫ってくるワームにガタックダブルカリバーで攻撃し、怯んだ隙にライダーキックをお見舞い。
ライダーキックを受けたワームはその場で爆発を起こして消滅した。
成虫ワームを倒した俺は、クロックアップを解除して変身を解いた。
それと同時に腰のベルトに装着されていた青いクワガタは、どこかへと飛び去って行った。
「何なんだお前？」
と、俺に聞く加賀美。
「選ばれし者だ。」
俺はそう言って、去って行く。
「待って！」
と、岬 結月。
だが、俺は岬が止めるのを無視し、その場から立ち去った。