7年前、突如地球に飛来し、日本・渋谷に落下直撃した巨大隕石 ― 通称「シブヤ隕石」 ― によって周囲地域は壊滅。隕石は人的にも多数の被害を与え、7年後の現在でも渋谷は復興されることも無く封鎖されている。だが、これらの災厄は終わった訳ではなく、すべての始まりにすぎなかった。

隕石落下直後より地球人類に擬態し街中を白昼堂々と活動、次々と人を殺しつつ繁殖する正体不明の宇宙生命体が人々に恐怖をもたらしていた。「ワーム」と呼ばれるその生物を滅ぼすため、人類は秘密組織「ZECT」を結成。しかしワームのもつ、目にも留まらぬ高速移動能力「クロックアップ」の前に、ZECTは敗北を重ねる。もはや最後の希望は、完成間もない武装システム「マスクドライダーシステム」のみであった。これを装備し、使いこなせる者が現れれば、ZECTはワームに対抗しうる力を手に入れられるのだ。