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2035年。
人々はサイバー社会（現実世界においてネットワークにより構築された情報を最大限に活用した社会）を生きている。
ただ、人間が作り出した社会故に欠点があった。それはウイルスというもの。
とある実験により、またたくまにウイルスはサイバー社会に伝染していった。
同時期、ウイルスが現実世界に具現化するというありえない現象がおきる。
具現化したウイルスは人間以外の生物に伝染していった。
そして、現実世界を破壊するに至ったのである。
ネットワークに頼りきっていた人間は半滅状態。
人々はシェルターことネットワークの核、中枢都市ノアを作り出し、逃げ込んだ。
ノアでは具現化したウイルスに対抗すべく「対神機関」を結成。
人間は神（ウイルス）を駆逐することができるのであろうか…